继香山、东江糖厂和云鸥物流公司三个试点开展三项制度改革后，南宁糖业公司本部也于2020年岁末着手实施三项制度改革，并于1月中旬完成这项重点工作。改革后，公司本部职能部门从19个撤并为10个，在岗人员编制从原来的119人减少到88人，减幅达26%，基本建立起与企业功能定位相配套的市场化劳动用工和收入分配管理体系，实现了轻装上阵，增强了发展活力。
南宁糖业是国内制糖行业的老牌企业,历经20多年发展，有着深厚底蕴，但因历史包袱沉重，存在机构设置、人员配置与业务发展不匹配，以及人员老龄化严重等问题。自2019年6月以来，公司新一届领导班子组织了一系列大刀阔斧的改革：着手管理机制改革，重塑管理架构，实施干部人事调整，深挖潜能，优化产业结构，补齐农务发展短板……最终于2020年9月4日实现“摘星脱帽”。
2020年9月起，以香山、东江糖厂以及云鸥物流为试点的三项制度改革进入全面实施阶段。香山东江糖厂人员经过两次整合，部门数量从27个优化为16个，在岗正式工编制从1038人减少到852人。改革后，香山、东江中层管理人员从75人减至51人，压减32%；云鸥物流和托管的停产公司中层管理人员由26人精简至16人，压减38%；三个试点总人数减员比例近20%。香山、东江糖厂、云鸥物流公司三个试点新上任的部门中层平均年龄为44.37岁，比原来的49.29岁下降了4.92岁，更显生机与活力。通过改革，初步实现了干部能上能下、员工能进能出、收入能增能减的市场化选人用人和激励约束机制，年轻、优秀人才脱颖而出。
借鉴试点的成功经验，公司本部推行三项制度改革前，从制度层面明确了行动纲领，印发了《南宁糖业股份有限公司本部三项制度改革工作总体方案》，形成顶层设计的框架。同时通过组织开展薪酬调研诊断，系统评估公司薪酬体系现状；开展岗位价值评估，建立薪酬动态调整机制。重点对员工薪酬定档调档等机制进行优化，将员工学历、职称、工作表现等纳入薪酬调整机制，建立量化薪酬调整标准。
在转型升级发展的关键阶段，公司本部的“三改”延续了新班子“大刀阔斧”的改革风格。一是建立大部制，实行机构综合化。如农务部、安全部、环保部、生产技术部整合归并成运营安环部，经营部、供应部整合归并成市场营销部，简化了流程与分工，做到职责明确，提高企业整体效能；二是设立市场营销部，实现企业经营、供应、品牌的扁平化管理。建立完善的策划营销体系，统筹市场渠道开发与客户关系管理，建立更加规范的销售流程和物资采购流程，加强品牌培育与推广，有利于优化企业资源配置，提高企业生产效率，提升市场竞争力与影响力，助力企业实现持续高效稳定发展。三是设立主管岗位，健全企业晋升机制，培养中层人才后备梯队，有利于激发员工上进心，调动员工积极性，提高工作热情，发挥工作潜能。四是建立了能升能降的收入分配管理体系。