喀什大学和伊利师范大学两所学校都是新疆自治区管理的高校，而且两所学校在新疆高等教育界，都有一定度。事实上，新疆面积很大，辖区共计166万平方公里，相当于16个江苏省的面积，但是高校并不多，只有54所高校，其中18所本科，36所专科。
喀什大学，前身是1962年创办的喀什师范专科学校，主要是从新疆师范学院和新疆大学抽调的教师，图书资料和教学器材，早期建校基础在新疆来讲，还是不错的。恢复高考之后，因扩招需求，1978年将其升级为“本科”高校，更名为喀什师范学院。这所学校位于南疆，而且主要培养南疆师范人才的学校，确实为南疆基础教育做出了贡献。
喀什大学，虽然相对新疆师范院校来讲，实力比较强，但是相对院校来讲，还是弱一些，因此早在新千年之初，教育部就组织内地高校，对其开展援建工作。早同喀什大学开展援建的学校，就是华中师范大学。经过多年的援建和建设，终于在2015年晋级“大学”。喀什大学主要是为南疆培育人才的高校，因此更趋于本地化，尤其是针对南疆的经济建设和产业发展，建立了很多配套，培育出了不少成果。
伊利师范大学，前身是1948年成立的伊利专科学校，原本是一所综合性学校，后来将非师范类，全部转移到了新疆大学，将其改建为伊利师范学校，主要是为了培养小学和学前教师而设立的学校。恢复高考之后才升级为本科高校。整体来看，喀什大学的实力胜过伊利师范大学，主要是因为喀什大学正在逐步转型为综合性大学。