理想的果蔬汁饮料外观清亮透明，果粒悬浮均匀，无明显分层。果蔬汁饮料在仓储和销售期易出现浑浊、沉淀或絮凝现象，不仅影响感官，而且影响其风味及品质，这是限制果蔬汁饮料加工业发展的关键因素。
影响果蔬汁饮料稳定性的因素
影响果蔬汁饮料稳定性的主要成分是一些悬浮物和大分子物质，如细小的果肉微粒、纤维、多酚类、蛋白质、果胶、淀粉、微生物等。饮料加工过程中果蔬细胞结构在外力的作用下遭到破坏，进而使这些大分子物质存在于同一体系之中，在这个多元混合体系里，多酚、多糖、蛋白质之间相互作用，会造成体系浑浊度的变化。
多酚类物质 酚类物质氧化聚合反应是引起果汁浑浊的原因之一。果蔬汁中所含的多酚类物质主要有酚酸、原花色素、单宁、黄酮类、儿茶素类、二氢查耳酮类以及羟基肉桂酸和羟基苯甲酸等。果蔬在榨汁时，植物细胞破碎，在氧的参与下，多酚氧化酶和过氧化物酶与果蔬中的多酚类物质发生氧化反应生成醌，然后聚合成有色大分子物质，是影响果蔬汁饮料色泽和稳定性的主要因素。
蛋白质 果蔬汁中的蛋白质常与多酚类物质通过疏水键连接形成聚合物，且聚合能力与蛋白质和酚类物质的种类、比例、温度以及体系的pH值等因素有关。当多酚类物质和蛋白质浓度很低时，二者形成的络合物通常呈溶解状态，但浓度高时，二者形成的络合物随浓度的增加产生浑浊甚至沉淀。
果胶 果蔬汁中的果胶物质含量较高，果胶物质一方面对果汁中残存的果肉颗粒等细小悬浮物起保护作用，另一方面可与蛋白质、酚类物质、细胞壁碎块等形成悬浮胶粒。这些胶粒物质在果汁加工中，受热处理或者添加电解物质引起的电荷中和，可导致胶粒絮凝，果汁浑浊不清。
不溶性淀粉 不溶性淀粉含量较高的果蔬汁饮料易发生分层现象。果蔬汁经热处理后，不溶性淀粉转变为胶溶状态，不能被超滤膜或过滤装置所分离，经澄清或浓缩后，大分子淀粉又重新出现，导致果蔬汁饮料出现二次浑浊。
微生物 果蔬汁含有丰富的营养成分，容易被霉菌和酵母菌污染，较常见的是原辅料微生物超标、果蔬汁饮料在加工过程中杀菌不彻底或杀菌后有微生物再污染。微生物在果蔬汁饮料中生长繁殖，分解果蔬汁中的果胶，导致果蔬汁饮料黏度下降，从而引起悬浮物沉淀；微生物在繁殖过程中产生的大量分泌物也是导致沉淀的原因之一。有研究表明，胡萝卜汁在存放过程中微生物大量繁殖，产生沉淀。在20kHz、750W超声波条件下处理胡萝卜汁2min，可有效杀灭微生物。
悬浮物 果蔬汁饮料中存在较多粗大的悬浮物，如细小的果肉、果实内皮、纤维等，这些悬浮物在重力作用下将产生沉降，沉降过程中大颗粒拖带小颗粒和胶体一起沉降，导致饮料分层沉淀。果蔬汁饮料中残留有果胶酶，果胶在果胶酶的作用下逐步水解使果蔬汁黏度下降，这也是引起悬浮物沉淀的一个原因。