当发生洪涝这样的自然灾害时，食品安全尤为重要，根据国家卫生标准，凡经洪水浸泡过的食品及食品原料一律不得再销售、使用。
洪水期间，水淹食品由于长时间浸泡在污水中，病原微生物可以通过包装侵入食品内，或附着在食品包装上，极有可能造成食源性疾病。因此食品经销单位不得为挽回损失销售水淹食品和降价处理霉变、潮解和残次食品。密闭性较好而且未起开的罐装食品必须经卫生检验合格后方可予以销售。
此外，受淹餐饮店、食品超市等必须经过卫生部门验收达到国家卫生标准后方可恢复营业。恢复营业后，必须严格执行食品原料采购索证验收台账制度，不采购使用含有毒有害物质或死因不明的禽畜肉及其制品；食物制作要煮熟煮透，严格做到生熟分开，洪涝期间不得供应凉菜冷荤食品。