一、新旧版有机产品认证标志过渡期问题
根据《关于启用国家有机产品认证标志备案系统的公告》（国家认监委2012年第9号公告）要求，在2012年3月1日前已从认证机构领取旧版有机产品认证标志或已印制带有旧版有机产品认证标志的产品包装，在2012年7月1日后（含7月1日）禁止继续使用（如确需使用，必须经过整理后符合新的有机产品认证标志使用要求后方可继续使用）。对已使用在2012年3月1日前领取的旧版有机产品认证标志或已印制带有旧版有机产品认证标志产品包装，且在2012年7月1日前已出厂销售有机产品的，其有机产品认证标志使用应当符合2005年发布的《有机产品认证实施规则》和《有机产品》国家标准要求。在2012年7月1日后（含7月1日）出厂销售的有机产品必须符合新的有机产品认证标志使用要求。
二、允许不加施有机产品认证标志问题
按照GB/T 19630-2011《有机产品》国家标准和相关规定，下面几种情况可不加施有机产品认证标志：现场采摘销售的果蔬类有机产品。不直接零售的加工原料。无法加施有机产品认证标志的散装或裸装产品，以及鲜活动物产品，但应在销售专区的显着位置摆放有机产品认证证书复印件。
三、有机产品认证标志批量损耗问题
获证企业因不可抗拒力而导致领取的有机产品认证标志大批量损耗的，可由认证机构向国家认监委提供相关证据材料申请补发。
四、有机产品包装规格报送问题
而对于一些只能以头、尾、只、个等计量单位销售的产品，在信息系统中报送有机产品认证标志使用信息时，填报产品“包装规格”可按平均重量填报。