烘焙类食品在生产过程中，其原料在加工成型后经烤箱高温烘焙，基本达到商业无菌要求，但在冷却包装时，若车间内空气中含有诸多微生物，则这些微生物会附着在食品表面、再次污染烘焙食品。
这是影响食品安全性的一个重要因素。如何在加工过程中全面地控制微生物的生长繁殖也就成了食品生产管理工作中的一项长期的、重中之重的核心内容；而灭菌技术、杀菌技术及消毒技术是最大限度地减少微生物含量和降低食品腐败的必选手段。
令人遗憾的是：大部分的品控人员搞不清“消毒”、“灭菌”两个名词之间的差别。严格地讲，食品安全是一个系统工程，需要以上技术的组合使用、缺一不可，如果食品从业人员搞不清这两个名词的意义，可能也无法具体、有效的开展工作。了解食品生产过程中消毒、灭菌的区别有助于我们着实提高食品安全生产技术，有着极其重要的现实意义。
由于食品行业对此没有准确的解释，只有引用实验室所发布的定义，对易腐败变质的食品而言，我们认为：将食品中的细菌全部杀死的操作过程，包括病原和非病原微生物及细菌芽孢，使之完全无菌称之为“灭菌”；这里的“无菌”一般是指商业无菌，即食品经过适度灭菌后，不含有致病性微生物，也不含有在通常温度下能在其中繁殖的非致病性微生物，物料中的微生物状况符合标准的规定，且在保质期内保证不会超标，不是真正意义上的无菌。
“杀菌”基本概念为杀灭一定量的细菌，而不是杀灭全部细菌，这个过程通常被称为杀菌。就杀菌而言，杀菌率可以是50％，也可以是80％或者95％。杀菌的作用为，1、杀灭环境中的微生物，防止环境中的细菌二次污染食品而导致菌落超标；2、杀灭易保存食品中的细菌，使剩余的细菌在保质期内不会大量繁殖而引发食品变质。
从上述可知，消毒和灭菌都要求杀灭或去除食品生产过程中的微生物，只是杀灭或去除的目标微生物和程度不同，即消毒处理不一定都能达到灭菌要求，而灭菌一定可达到消毒的目的。两种工艺的选择主要根据：1、待处理物品的用途和危险程度区别对待，采用相配套的消毒或灭菌工艺；2、由于灭菌与消毒处理的直接对象是待处理物品上被污染的微生物，随微生物种类、性状和抵抗力的不同，可供选择的消毒与灭菌方法也可有所不同；3、在用灭菌与消毒方法杀灭或去除各种微生物的同时，也使被微生物污染的成品或半成品处于相同的消毒灭菌过程中，考虑同步配套使用灭菌与消毒方法，举个简单例子说明：
烘焙类食品在生产过程中，其原料在加工成型后经烤箱高温烘焙，基本达到商业无菌要求，下道工序为冷却后包装；如果车间内的空气卫生质量不佳、空气中含有诸多微生物，则这些微生物会附着在食品表面、再次污染烘焙食品，导致半成品的卫生质量不合格，从而导致食品的微生物含量超标。为防止烘焙食品在冷却和内包装环节遭受微生物的二次污染，可采用“动态空气消毒机”对车间内的空气进行消毒，保证食品安全。该消毒技术对车间消毒时，人可同时在车间内工作，对人体没有任何危害，同时使受控环境保持在“无菌无尘”标准。
目前，灭菌及消毒方法可分为物理法、化学法和生物法三大类。在消毒或灭菌的实施过程中，其效果会受到众多因素的影响，即消毒或灭菌方法本身需要加以控制自身内在因素及微生物、待处理物体和环境的外在因素。总而言之，只有理解“消毒”及“灭菌”之间既相似又有区别的二类概念，才能夯实食品安全生产的理论体系。