食品由于用料较多，对生产环境和储存环境的要求都较高，杀菌消毒就成了食品行业的基础措施。
紫外线辐射杀菌紫外线辐照可以杀死细菌，但与离子辐照不同的是紫外线的穿透力较弱，所以其使用范围通常限于表面杀菌和空气的杀菌。新型杀菌技术，高压电脉冲杀菌。它是利用在高压脉冲电场下，负向脉冲波峰的出现对细胞膜形成一个快速变化的压力，使其结构松散，与正向脉冲峰协同作用能迅速破坏细胞膜的透性。同时，高压电脉冲波宽仅2s，对食品没有升温效应。这种方法有两个特点，一是由于杀菌时间短，处理过程中的能耗远小于热处理法。二是由于在常温、常压下进行，处理后的食品与新鲜食品在物理性质、化学性质、营养成分上改变很小，风味、滋味无感觉出来的差异。
杀菌效果明显，达到商业无菌的要求。特别适合用于热敏性很高的食品；超声波杀菌。超声的空化作用能在细胞壁与细胞液等非均相间产生微射流和局部高热、高压。这对细菌、病菌等微生物有强烈的杀灭作用，对非均相界面会因超声波振动的切向力和微射流等作用而使固相颗粒或板块破碎变细，从而可以很方便地起到杀菌和清除食品包装和加工设备的污垢的作用；通电杀菌亦称欧姆杀菌，它利用电极将电流通过物体，由于阻抗损失、介质损耗等的存在，最终使电能转化为热能，使食品内部产生热量而杀菌；高压杀菌。它与传统热杀菌相比，不仅能有效地杀灭微生物，而且能保持食品特有的风味和品质，避免因加热引起的色变、加热臭和产生有害物质等。高压杀菌就是将食品物料以某种方式包装以后，置于高压（200MPa）装置中加压处理，使之达到灭菌要求的目的。
随着食品杀菌消毒技术的不断提升，行业的发展，将会逐渐的提升到新的水平，人们也将会品尝到更多质量可靠，口味独特的美味食品。