食用菌一般具有食药同源的功效，非常适合乳酸菌的生长，而乳酸菌本身也是一种益生菌，在其生长的过程中还能产生多种生理活性物质和特有的风味。因而两者的结合具有营养互补、功能互补的增效作用，是一种较理想的新型食用菌乳酸菌饮料营养保健饮品。该产品的加工通常是采用食用菌深层发酵液或子实体的浸提液，经过乳酸菌发酵后配制而成。以下以灵芝酸奶为例，说明其加工过程。
1 接种。按常规方法将灵芝母种接人PDA（马铃薯、葡萄糖、琼脂培养基）试管斜面培养。
2 摇瓶。将母种接入综合PDA液体培养基中，于26～28℃摇瓶，菌丝球为培养液的2/3即可。
3 匀浆。菌丝球和发酵液一并置于匀浆器内，匀浆10～15分钟。
4 过滤。用4层纱布过滤匀浆后的发酵液。
5 配料。奶料、发酵液、水按1：3：5或1：2：6的比例混匀，若为鲜奶，可按发酵液与鲜奶之比为1：2混匀即可，并加入配料总量5%的白糖。
6 分装。配好的原料分装于酸奶瓶或无色玻璃瓶内，装量为容器的4/5。
7 灭菌。装瓶后的配料置90℃水中浸浴5分钟或在80℃水中浸浴10分钟，取出放在干净通风处冷却。
8 接种。等瓶壁温度降至室温时，按5%～10%的接种量接入市售新鲜酸奶；或将嗜热乳酸链球菌和保加利亚乳杆菌按1：1混合后接人，接种量为2.5%～3%。
9 发酵。接种后的发酵瓶口覆盖一张洁净的防水纸，并用线扎好，在42～43℃下恒温发酵3～4小时，注意观察凝乳情况。检查时切忌摇动发酵瓶，以免出现固、液分层和大量乳清析出，影响产品质量。待全部出现凝乳后，取出进行后熟处理。
10 后熟。将发酵好的酸奶置10℃以下后熟12～18小时，即为成品灵芝酸奶。