乳酸菌饮料可分为单一乳酸菌饮料和多种乳酸菌饮料。其中单一乳酸菌饮料最常用的菌种是干酪乳杆菌，多种乳酸菌饮料目前比较流行，使用的菌种包含双歧杆菌、嗜热链球菌、保加利亚乳酸菌等，此外，还有一些品牌在菌种的标示上也充满噱头，如“AB菌全覆盖”、“B益畅菌”等。
目前规定允许使用的菌种将近20个。相比单一菌种，复合菌种的使用在工艺上要求更加严格。“有的产品声称含有多种乳酸菌，但如果每种菌种在数量上并未保持平衡性，也就有可能不好区分是哪一菌种在起主导作用。另外，各种菌种均有各自的功能特性，具体饮用效果还取决于菌种之间的共生能力，因此含的菌种多也不一定能说明你的产品就好。”
此外，美国普度大学农业与生物系食品工程专业博士云无心此前也曾表示，现在很多菌种对人体的作用机制科学家尚未完全搞清楚，普通消费者没必要为了花哨的菌种名称而选购某个产品。
除了所使用的菌群不同，乳酸菌饮料所含活菌数量也不相同。其中，养乐多含菌数量为≥1×108cfu/ml(每毫升样品中含菌量)，君乐宝每日活菌900ml的含菌数量为≥108cfu/ml。有的品牌则只在包装上标明含“300亿活性乳酸菌”。
乳酸菌饮料含菌数量的单位，国家标准是用106cfu/ml来表示，如产品内含同种乳酸菌，活菌数高的当然比低的好，但乳酸菌若是不同种类，仅仅比较活菌数就不见得有意义，因为不同种类乳酸菌对人体产生影响所需要的数量不同。营养专家范志红也表示，并非活菌数量越多越好，要根据不同菌群的具体作用而言，例如人体对与抑制肠道有害细菌和免疫调节作用的乳酸菌需求量都不相同。
低糖也是一些乳酸菌饮料宣传的卖点之一。但仔细阅读活性乳酸菌饮料的营养成分表就会发现，这类饮料其实并不低糖，反而高糖。以宣称低糖低卡路里的君乐宝每日活菌(900ml)为例，其每百毫升碳水化合物为4.8克，含糖量为4.3克，换算下来一瓶含糖量近39克。同样宣称低糖的味全含糖量则更高，每百毫升高达15.1克，喝下一瓶435ml的饮料，糖摄入量高达66克。可乐的含糖量是饮料中偏高的，一罐330ml的可口可乐含糖量约为34克，仅为味全乳酸菌饮料的糖含量的一半。
乳酸菌饮料含糖量的国家标准为每100ml不得超过8%。现在虽有部分企业使用了部分低聚果糖来达到减小含糖量的目的，也就是说可以使乳酸菌饮料的含糖量能达到5%，但使用低聚果糖成本会加大一些。
“对乳酸菌而言，糖是益生菌赖以生存的养料，没有糖益生菌很快就会自行死掉。而且，乳酸菌饮料这类产品，如果放糖太少容易导致产酸，太酸很难入口，故只能使用糖来调和酸味和风味，而糖太多对人体健康又不利。”