农夫山泉的天然水产品是来自千岛湖，丹江口，万绿湖水库等，只经简单过滤，不改变水的本质，保有水源天然特征指标，依照《饮料通则》（GB10789-2007） 的定义，属于《其他天然饮用水》，尚未有国家标准，因此产品的质量系依照企业标准或当地的地方标准来保障，由于来自天然水源保护区，因此水源的保护非常重要，农夫山泉公司与当地政府都签定了水源保护协议，工厂不会造成水源的二次污染，也配合国家政策积极从事水源保护工作，以免水质不稳定造成产品发生质量问题。
农夫山泉如今拥有四个主要水源基地，除了广为大众所知的浙江千岛湖以外，还有南水北调基地湖北丹江口，广东万绿湖，以及吉林省白山市靖宇县错草泉，前三者均为地表水库水水源，第四个为天然矿泉水水源。而“农夫山泉”四个字与一般所认知的山泉水也没有关系，山泉二字只是一个共通性的商标。而由于市场的扩大，农夫山泉在这四个天然水源保护基地上也生产一般饮料，包括农夫果园，农夫茶园，尖叫运动饮料，水溶C100等产品，采取多角化营销策略 。