2016年，在农业部农产品质量中心、绿色食品发展中心的正确领导下，在14个地（州、市）工作机构的共同努力下，新疆“三品一标”事业继续保持健康发展，取得了较好成绩。截至2016年底，全区有效期内的“三品一标”产品总数1074个，实物总量995万吨。其中：无公害农产品511个，绿色食品445个，有机食品（农业系统认证）49个，登记保护农产品地理标志登记产品69个。无公害农产品产地面积550万亩，绿色食品原料标准化生产基地创建面积1163万亩，有机农业示范基地面积3万亩。
2016年各地（州、市）共推荐上报“三品一标”产品481个，较计划增加81个，其中无公害农产品269个，绿色食品161个，有机食品51个，绿色食品原料标准化基地创建面积为164万亩。乌鲁木齐市、伊犁州、博州、克拉玛依市、塔城地区、吐鲁番市、哈密市等7个地（州、市）无公害农产品申报积极性较高；伊犁州、昌吉州、阿克苏地区、喀什地区、和田地区等5个地州积极申报色食品；昌吉州、克拉玛依市、和田地区有机食品认证有新突破；昌吉州、阿克苏地区、塔城地区积极申请创建绿色食品原料标准化生产基地。
从目前全区“三品一标”发展规模来看，获证产品数量多的是昌吉州，依次为伊犁州、乌鲁木齐市、巴州和阿克苏地区，“三品一标”产品数分别为209个、164个、131个、121个、108个，占全区产品总数的68%。绿色食品原料标准化生产基地建设情况来看，基地面积的是伊犁州364.5万亩，依次为阿克苏地区321.3万亩，昌吉州161.8万亩，占基地总面积的的72.8%。
从各地发展经验来看，伊犁州把发展绿色农业作为“三农”工作的核心加快推进绿色原料基地建设，把“三品一标”产品认证数量作为绩效考核的重要内容和现代农业发展的重要标准来考核衡量各县市农业工作，将原料基地创建与产品认证有机结合起来，一起抓一起落实，取得明显成效；昌吉州加强“三品一标”工作机构建设，抓队伍、促工作，制定和发布生产技术规程，在落实标准、提高质量的同时，转变作风、提升服务能力，加强对大企业、大集团产品的质量认证，推动了品牌农业建设；阿克苏地区地委、行署主管领导亲自研究部署“三品一标”工作，制定落实“三品一标”发展规划和具体措施，大力推进基地建设和产品认证工作，取得了明显效果。
2017年，新疆将继续围绕“确保社会稳定和长治久安”这个总目标，紧扣农业供给侧结构性改革，遵循创新、协调、绿色、开放、共享五大发展理念，以绿色农业生产、品牌农业建设为抓手，变化变革，务求实效，全力推进 “三品一标”事业持续健康快速发展。