技术指导部（与专家委员会合署办公）：编制2人。负责制定各项行业自律性管理制度，制定并组织实施行业职业道德准则，推进行业诚信建设，维护行业公平竞争的市场环境；负责相关法规、条例、办法、政策、规划的制定，并组织实施。
开展行业基础情况调查、收集和整理工作，掌握国内外食用菌科研、生产、加工、流通、消费的发展动向和趋势，向政府部门提出制定行业政策等方面的建议；关注行业重大事件并提出处理意见；加强对菌种、野生品种资源和栽培配料的管理、合理开发利用和保护；参与行业资质认证、新技术和新产品鉴定及推广、事故认定等相关工作；负责行业学术研讨并组织协调有关科研项目的管理与实施等科技进步工作；负责对协会分支机构的业务管理。