浙江省食品工业协会秘书处设办公室、综合部、信息部、市场部、标准部五个部门，各部门职责如下：
一、办公室主要职能
1、负责协会行政管理和日常事务；发挥参谋助手作用，协助领导做好部室间综合协调，检查、督促各部室工作的落实。
2、负责制定内部规章制度并督促执行；起草协会年度工作计划、工作总结、领导重要讲话及其它重要文件。
3、负责协会重大会议的组织、记录及决定事项的催办，组织安排协会重大活动。
4、负责协会文电处理和印信、档案、资料管理工作。
5、负责安排假节日值班和保卫工作，配合相关部门接待来访人员。
6、负责协会财务工作，及时编制年度财务预决算和各项财务报表，制定财务管理制度并严格执行。积极配合各部门做好创收的财务服务。
7、负责协会资产、房产及其它固定资产管理和办公设备、用品采购与管理，确保后勤保障工作。
8、负责协会人员录用、考核、考勤、安排休假等人事工作，办理离退休手续及离退休人员管理工作。
9、负责协会人员工资、奖金、津补贴及福利的分配和管理。
10、负责协会技术职务资格的确认和技术职务的聘任、考核等管理工作。
11、负责协会因公出国（境）任务的报批、确认和出国人员的政审工作，办理因公（私）出国（境）的有关手续。
12、协助领导做好协会下属单位管理，指导下属单位劳动人事和内部管理。
13、承办协会领导交办的其它事项
二、综合部主要职能
1、研究国内外食品行业科技发展趋势，综合分析我省食品行业重大共性技术问题，提出食品行业科技进步政策建议。
2、收集、掌握我省科技发展规划和产业转型升级政策法规。提出我省食品行业科技发展规划、高科技产业发展规划建议，协同有关部门推进食品行业科技进步和转型升级。
3、配合政府相关部门开展食品、诚信管理体系建设、产品质量管理工作，参与食品质量、、环保、技术等监督管理。
4、负责组织食品工业技术和人才引进工作，促进食品行业产、学、研合作。
5、负责食品品牌培育、推荐和组织现场审核，组织食品行业科技成果鉴定。
6、收集反映食品企业意见和建议，总结推广行业技术创新好经验好典型。
7、参与协会重要文件起草和综合性调查研究。
8、完成协会领导交办的其它工作。
三、信息部主要职能
1、收集、整理、研究、传递行业信息、国家行业政策法规。
2、负责协会信息网络建设，维护协会网站、行业门户网站运行。
3、负责协会食品杂志、行业年鉴、资料和有关书籍的编辑、刊印和发放。
4、掌握行业发展动态，承担食品行业综合统计和综合分析，及时提出行业运行分析报告；开展信息交流和信息咨询服务。
5、负责会员发展、管理和会费催缴工作，了解反映会员诉求，提高会员管理水平。
6、负责市、县食协机构和省级食品协会组织建设和联络、指导、协调工作。
7、组织或参与有关考察、培训和调研工作。
8、完成协会领导交办的其它工作。
四、市场部主要职能
1、收集、掌握相关食品市场的政策法规（如开拓市场的扶持政策）。
2、了解营销业态（如电子商务、网络营销）重大变化和食品重大事件信息，组织典型经验交流。
3、收集、整理、传递国内外食品展会信息，组织企业参展或参观考察。
4、负责提出协会主办、合办、承办的食品展览会、博览会、研讨会方案，并牵头组织实施。
5、拓展和参与协会对外合作的经济实体建设（如杭州食品市场、省食品技术开发公司、上海有关展览公司等）
6、组织销售人员业务培训及相关贸易政策的宣贯。
7、协助企业开拓和扩大产品市场的服务工作。
8、承办协会领导交办的其它事项。
五、标准部主要职能
1、收集整理国内外相关食品标准资料，研究食品标准现状和发展趋势，提出食品标准建设中长期规划和年度计划。
2、推进食品行业地方标准研究与采标工作，组织开展地方标准制、修订。
3、调查研究我省食品行业标准建设情况，及时反映企业、行业意见和建议。
4、负责食品行业国家标准、地方标准宣贯、培训，促进食品企业标准建设交流和合作。
5、开展食品标准咨询服务，帮助食品企业制、修订企业标准。
6、负责省食品工业标准化技术委员会的指导管理工作，开展食品科普宣传。
7、协助相关部门参与食品标准督查监管工作。
8、完成协会领导交办的其他工作。