商丘市有两个客运火车站：商丘站和商丘南站。从商丘站出发，可以前往连云港、宝鸡、上海、成都、西宁、兰州、石家庄、北京、无锡、青岛、杭州、扬州、西安、南京、合肥、重庆、济南、郑州等地；从商丘南站出发可以到达北京、深圳、厦门、南昌、芜湖、青岛、太原、杭州、赣州、安庆等地。
商丘大部分公交车都路经商丘火车站，5路、13路、59路车途径商丘南站。
商丘火车站
商丘火车站包括商丘站和商丘高铁站。陇海铁路商丘站，位于河南省商丘市梁园区站前路，为河南省单个车站年发送旅客仅次于郑州站的第二大火车站、豫东及周边地区的火车站，始建于1913年，距今已有100年历史，1984年重建后占地面积6004平方米，建筑面积5156平方米。商丘高铁站为郑徐高铁、商杭高铁及规划建设的京九高铁在商丘三站并置的高铁客运枢纽站，位于商丘市区北部，背对既有火车站陇海铁路商丘站，规划总建筑面积约12万平方米，主站房面积约7.5万平方米，总投资约18亿元，建成后将成为中原地区规模的高铁客运枢纽站之一。
商丘南站
商丘南站位于河南省商丘市商丘经济技术开发区南京路东段，始建于1989年，是京九铁路商丘段一座三等火车站，隶属于郑州铁路局。商丘南站距北京西站687公里、距深圳站1685公里、距九龙红磡站1720公里，本站及相邻上下行区间均为电气化区段。办理客运、货运业务。