福建省食品药品监督管理局大力推行网上审批，实施网上审批事项全流程网上运行，方便企业随时了解审评审批进展情况。
目前，对于福建省食品药品监督管理局的25项行政许可审批事项和2项非行政许可审批项目，都实行网上受理和窗口受理两条线，申请人可进行在线申报和在线进度查询。为规范网上审批事项流程，福建省食品药品监督管理局编印了《福建省食品药品监督管理局网上行政审批项目办事指南》，并在受理中心窗口免费发放，为行政相对人提供更加公开、便捷的服务。
福建省食品药品监督管理局通过网上审批平台不断改进和完善办理程序，缩短时限，最大限度提高服务质量。