流通环节食品安全监管中行政指导包含以下内容：
1.许可行为行政指导。首先在办公场所向申请人公示许可流程，并制作“食品流通许可告知单”，便于许可申请人掌握许可要领；其次可突破按部就班的先受理、再现场审核的许可程序，根据监管实际，对申请人提供的经营场所、经营流程、经营设施等进行现场核查前的预审，这样可以提高许可效率，提升许可质量；三是指导经营户在经营场所统一悬挂《食品流通许可证》，利于社会监督。
2.自律行为行政指导。强化食品经营者执行索证索票制度是自律行为行政指导的主要内容，也是食品安全监管的难点。根据农村食品经营者文化素质普遍不高的情况，工商部门进行自律行为的行政指导，应坚持简便原则，着眼长效，因人而异，不一概而论，一蹴而就。
3.经营行为行政指导。法律法规对经营者食品经营行为有明确规定，其目标就是要保证上市食品质量安全。围绕这一目标，对预包装食品的行政指导，着重是食品标签的规范和指导临近保质期食品的处理；对散装食品的行政指导，着重是统一规范在散装食品的贮存、销售位置或外包装统一标明含有“五要素”（食品名称、生产日期、保质期、生产经营者名称及联系方式）的散装食品标签；在大型商场、超市，要指导推动建立自有食品检测室，增强企业质量自我控制能力。
4.“两项制度”信息化行政指导。坚定不移推进以食品批发单位为主抓手的食品安全电子溯源管理系统工程，通过系统，完成对食品经营主体和食品质量信息化监管和远程监管平台的搭建，构建从批发到零售的流通环节食品安全监管溯源机制，努力实现流通环节食品经营流向可控、源头可溯。
强化流通环节食品安全监管行政指导应注意把握以下几个方面：
一是紧密围绕监管职能，摆正关系。开展行政指导，必须时刻牢记监管天职，既不能将行政指导变相为行政强制，也不能因行政指导弱化行政执法。行政指导是对行政执法工作的加强和重要补充，二者相辅相成，不可偏废，也不可相互替代。
二是找准行政指导定位，对症下药。从广义上讲，工商行政管理机关的工作均与行政指导息息相关，行政指导渗透在行政监管的各个环节，因此分析监管现状，有针对性地确定行政指导项目至关重要。对流通环节食品安全监管而言，一要确定行政指导的主要对象，即批发经营单位和高危食品经营单位（如散装食品经营户、学校、市场及周边食品经营户）；二要确定行政指导的主要内容，即食品经营自律行为。
三是丰富行政指导方式，举一反三。将宣传食品安全法律法规、食品安全常识作为行政指导的基本方式；将向社会公众如实说明行政指导实施的现实意义和实施的法律依据作为行政指导的基本要求；将建立完善提示、劝导、告诫、激励等行政指导制度作为行政指导的基本保障。通过制度规范、形式规范，使工商行政管理部门行政指导行为的信息更准确、更有效地传达给受指导者。
四是注重行政指导回访，巩固效果。工商部门在对食品经营户进行行政指导后，要对其是否正确执行和坚持执行行政指导内容进行定期回访。通过回访确认行政指导是否对经营户规范经营带来了好的效果，同时通过回访，及时发现问题，及时调整规范。