在有机食品刚上市的时候，有关有机食品安全的问题不在少数。据法国食品安全机构（AFSSA）的一份最新报告显示，有机食品比常规食品的品质更好，其杀虫剂和硝酸盐更少（此物质与一系列健康问题有关，包括糖尿病和老年痴呆症）。谢恩伊顿（ShaneHeaton）是澳大利亚生态农业的营养学家，他认为此项研究已对有机食品的营养及品质进行了较充分和严谨的评价，此项研究同时发现，有机食品中矿物质和抗氧化物质的含量更高，并且还有许多其它益处，这与最近公布的由英国食品标准局委托进行的另一项评价正好相反，该评价曾被媒体广泛报道为有机食品不比非有机食品有更多好处。谢恩伊顿的研究通过干物质含量，抗氧化剂含量，农药量和硝酸盐含量等数据对此作出了公正结论：有机食品在许多方面都超过普通食物。
法国食物安全机构研究的要点是：
1.有机植物产品含有更多的干物质（更致密，更营养）
2.有机植物产品的矿物质含量更高
3.有机植物产品包含更多的抗氧化物，如酚类、水杨酸（众所周知可以预防癌症、心脏病和其它健康问题）
4.碳水化合物，蛋白质和维生素含量没有充分的证明材料
5.94-100%的有机食物不含任何农药残留。
6.有机蔬菜中含有硝酸盐少得多，约少50％（高硝酸盐含量都与一系列的健康问题有关，包括糖尿病和各种老年痴呆症）
7.有机谷物与常规谷物所含真菌毒素相同
8.有机养殖的牛比常规牛的瘦肉更多，有更多不饱和脂肪酸。
9.有机鸡肉，含有的脂肪相当于常规鸡肉的二分之至三分之一，且n-3脂肪酸（据报道有抗癌效果和其它健康益处）的含量显着高于常规鸡肉。