乳酸菌的发展是科技在食品工业中完美体现的一个例证，国内乳酸菌产业的科技支撑体系已经形成，国内乳企也将乳酸菌饮料作为产品线重点，未来乳酸菌饮料市场竞争会更加激烈。随着国内乳酸菌科技交流不断加强、行业秩序规范化，乳酸菌饮料将呈现快速发展。
未来发酵型乳酸菌饮料市场将愈来愈强，建立具有自主知识产权的乳酸菌菌种资源库，筛选和开发适合我国乳酸菌发酵饮料发展的益生乳酸菌菌种、发酵剂和益生菌制剂显得尤为重要。
我国乳酸菌饮料发展战略主要为：
第一，加强乳酸菌资源的收集，建立专业化的乳酸菌菌种资源库。我国不同地域和气候以及我国不同少数民族制备传统发酵乳制品所采用的原料、工艺等方面的差异，使得我国乳酸菌资源丰富的生物多样性和基因多样性是任何其他国家所没有的。
少数民族传统乳制品中各种乳酸菌是重要的可利用生物资源，发掘、收集、保藏少数民族传统发酵乳制品中的乳酸菌资源，建立乳酸菌资源库及基因库，对今后我国乳酸菌资源可持续利用及核心技术的突破有着重要的意义。
第二，加强在益生乳酸菌方面的基础研究积累，突破核心技术利用先进的分子生物学技术，应用基因组学、蛋白质组学、代谢组学、生物信息学等从整体上研究益生乳酸菌菌种分类、重要生物学特性和菌种的高效筛选。
第三，开发适合国人生理特点的益生菌及产品，从生物角度考虑益生菌不同人种的适应性，利用人类基因成果建立适合国人生理特点的益生菌评价体系，进而开发出适合国人的益生菌，制订益生菌制品的菌种筛选和产品的标准。
第四，设立长效的科学研究和人才培养机制，加强企业和研究单位的合作，保证研发的持续性和人才队伍的建设。估计企业进行基础研究，开发真正的高技术产品。企业可以买来先进设备，引入高水平管理模式和人才，但买不来乳酸菌资源及核心技术，自主开发将是我们最终选择。