酸奶已成为不少市民喜爱的食物，对于这种有益人体的“乳酸菌”，食用上也要注意一些禁忌。酸奶和很多食物搭配起来吃都很不错，特别是早餐配着面包、点心，口感好还营养丰富。但千万不要和香肠、腊肉等高油脂的加工肉品一起食用，因为这些加工肉品内添加了硝，也就是亚硝酸，会和酸奶中的胺形成亚硝胺，亚硝胺是致癌物。酸奶很适合与淀粉类的食物搭配食用，比如米饭、面条、包子、馒头、面包等。
酸奶中乳酸菌价值最高，它的作用是产生乳酸，使肠道的酸性增加，可以抑制腐败菌生长和减弱腐败菌在肠道中产生毒素。若把酸奶进行加温处理，反而会增加乳酸菌的活性，其特有的保健作用还会增加，加温的方式则是把酸奶连包装放入45摄氏度左右的温水中缓慢加温，等包装外手感温热了，就可以饮用了。
酸奶并不是老少皆宜，比如腹泻或其他肠道疾病患者在肠道损伤后不宜吃酸奶，婴幼儿也不宜吃。此外，糖尿病人、动脉粥样硬化病人、胆囊炎和胰腺炎患者最好别喝含糖的全脂酸奶，否则容易加重病情。而经常饮酒者、经常吸烟者尤其是经常便秘患者、骨质疏松患者、心血管疾病患者等都是比较适合多吃酸奶的。
营养师说，氯霉素、红霉素等抗生素、磺胺类药物和治疗腹泻的一些药物，会杀死或破坏酸奶中的活性益生菌，所以不应同吃。