绿色食品发展中心成立于1992年，是负责绿色食品开发和管理工作的专门机构，隶属农业部，与农业部绿色食品管理办公室合署办公。内设：办公室、认证审核处、标志管理处、质量监督处、科技标准处、计划财务处、市场信息处等部门。现有36个省级工作机构，并在定点委托了60个绿色食品产品质量检测机构，65个绿色食品产地环境监测机构。

绿色食品发展中心的主要职能是：受农业部委托，制定绿色食品发展方针、政策及规划，组织制定和推行绿色食品的各类标准；依据标准，进行绿色食品标志许可审核；依据《农产品质量法》、《中华人民共和国商标法》，实施绿色食品产品质量监督和标志商标管理；组织开展绿色食品科研、示范、技术推广、培训、信息交流与合作等工作；指导各省（市、区）绿色食品管理机构的工作；组织、协调绿色食品产地环境和产品质量监测工作。