福建省食品工业协会机构设置：
1、办公室：负责文书、档案、人事、财务管理，办理日常行政事务。
2、统计信息部：负责开展全省食品行业专题调查，研究提出中长期发展规划、政策性建议，收集、整理全省食品行业经济、技术信息，研究国内外食品市场发展动态，开展信息咨询工作，编辑《福建食品》信息刊物。
3、科技部：负责为食品企业、食品院校等科研部门做好食品科学技术的服务工作；安排做好技术引进、技术改造，开发、研究、推广新技术、新设备和新产品，以及人才培训工作。
4、质量部：负责产品质量、卫生管理、食品检测、标准制定以及产品的评选和推荐。
5、综合业务部：负责国内外食品行业经济技术交流与合作、技术引进、经贸洽谈，负责组织与举办国内外展览活动，做好政府有关部门的委托工作，做好协会会员的发展与服务工作，做好与国内外食品单位的联系与合作事宜。
福建省食品工业协会下设三个行业分会：
一、福建省食品工业协会酿酒行业分会
宗旨：积极配合主管部门，做好酿酒行业管理；推进行业结构和酒类产品结构的优化；加快中小型酿酒企业的技术改造；提高酿酒工业生产技术 的总体水平；加强酿酒行业的科技开发与创新；加强行业协调，促进行业自律；开拓酒类市场。
二、福建省食品工业协会调味品行业分会
宗旨：加强企业质量管理，创建优质产品，促进行业发展；坚持技术进步，增加科技投入，提高全员素质，严把产品质量关；加强企业合作与自律，净化行业市场，反对不正当竞争。
三、福建省食品工业协会味精行业分会
宗旨：加强味精行业管理，协调同行业企业间的联系和发展，加快科技进步，加强质量管理，企业产品结构调整，扩大企业交流与合作。