许多食品在生产过程中，会遭到细菌污染造成产品不合格。细菌污染存在于生产、储运、销售环节等诸多环节，随着包装技术的进步，在储运及销售环节的二次污染防控能力逐步加强。但在生产过程中的冷却工序、内包工序及灌装工序的细菌二次污染存在许多不可控因素，绊倒了不少品牌企业，成为企业与行业健康发展的一大威胁。
食物被细菌污染主要有以下几个原因：
1、禽畜在宰杀前就是病禽、病畜；
2、刀具、砧板及用具不洁，生熟交叉感染；
3、卫生状况差，蚊蝇滋生；
4、食品从业人员带菌污染食物；其中后三个因素均存在于食品加工过程中
5、食品在生产过程中暴露在空气中，受到空气中微生物污染。
因此，我们需要加强在食品加工各个环节的微生物检测与控制：
1.设施设备的卫生。分析每种产品、每个生产工段的设施设备在保持卫生方面应采取的措施，包括防蝇、防鼠、防蜂螂，空气净化（防止细菌和尘埃飘落），防止铁锈油漆剥脱、落屑及其他防止异物的措施等。
2.机械器具的卫生。生产加工过程中使用的各种用具、容器、机械类、管道、灶台等均不能有细菌生存繁殖的死角。这里需要强调的是实行机械化、管道化、密闭化的同时，必须重点把握住管道内彻底的洗涤消毒。否则，这种管道化、密闭化就增加了细菌生长繁殖的死角和条件，提高了产品的污染程度。
3.从业人员的个人卫生。所有从业人员必须经过卫生知识培训及格和体格检查及格，要有良好的个人卫生习惯。如工作服清洁、合体，生产前和便后洗手消毒，销售时不用手抓直接入口的食品等。
4.控制微生物的繁殖。微生物得以繁殖需具备3个基本要素，即水分、温度、养分。在处理水分多的食品原材料的企业，能控制的就是温度，与此有密切关系的是时间。在规定工艺总体温度控制（包括加热烹调与灭菌工艺）的同时还需要规定各工段温度控制的基本时间。
5.日常的微生物监测监控。食品企业必须建立日常的微生物监测监控体制，并确实地实行。这一工作不仅限于对成品、原材料采样检验，还要求按工段采工段样品，检验容器、工具机械等。还应该制定企业内控标准（指标应该与国标），按企业标准（不仅是成品）检查每个工段每批产品过程是否都能达标。
6.在食品生产环节中针对产品暴露在空气中的情况，合理配备NICOLER动态空气杀菌设备，有效控制并杀灭微生物污染，目前该设备在食品制品生产包装、冷却过程中杀菌，使用效果良好。这种技术利用等离子静电场杀菌原理，可在有人员工作的情况下，持续完全杀灭空气中的霉菌、细菌及员工自身的发菌（新陈代谢）。经反复试验，开机30分钟内对大肠杆菌杀灭率达99.27%，对自然菌杀灭率达100%。
国内企业的食品安全意识日益增强。对于产品质量，消费者会通过他们的购买进行判断，那些提供高品质产品以及在食品过程中严格遵循相关质量标准的企业将最终获得消费者的青睐。对于食品生产企业无论手工生产还是自动化生产，对于微生物的卫生控制企业还是要着重预防的。