乳酸菌饮料和酸奶是有很大区别的，乳酸菌饮料是以乳或乳制品为原料，经过乳酸菌发酵后加入水、食糖和（或）甜味剂、酸味剂、果汁、茶、咖啡、植物提取液等调制而成的饮料，乳酸菌饮料根据是否灭菌分为杀菌（非活菌）型和未杀菌（活菌）型。
酸奶是将鲜牛奶经过杀菌后添加有益菌（发酵剂），经发酵后，再冷却灌装的一种牛奶制品。目前市场上的酸奶多以凝固型、搅拌型和添加各种果汁果酱等辅料的果味型为多，酸奶不仅保留了牛奶的营养，在发酵过程中更增加了不少保健功效。
酸奶经过发酵后使奶中糖、蛋白质有20%左右被水解成为小的分子，奶中脂肪含量一般是3%-5%。经发酵后，乳中的脂肪酸可比原料奶增加2倍。提高了宝宝胃内的酸度，因此对宝宝的水化吸收更有利。
乳酸菌和酸奶最大的区别就是蛋白质含量不同，酸奶在制作过程中是不加水的，若配料中有水的成分则为乳酸菌饮料。乳制品核心就是蛋白质含量，乳酸菌饮料的蛋白质含量仅有1%，远远低于酸奶蛋白质。
乳酸菌饮料中只含有少量的牛奶，其中蛋白质、脂肪、铁及维生素的含量均远低于酸奶。因此从营养价值上看，乳酸菌饮料远不如酸奶，绝对不能用乳酸菌饮料代替牛奶、酸奶来喂哺宝宝，否则容易造成营养不良。